João Pedro Rodrigues a commencé des études de biologie pour devenir ornithologue, avant d'abandonner pour étudier à l'école de cinéma de Lisbonne, d'où il sort diplômé. Son travail explore le désir humain sous toutes ses formes, parcourant l'histoire du cinéma, du genre classique au film documentaire et expérimental. Il a réalisé 5 longs métrages : O Fantasma (2000), Odete (2005), Mourir comme un homme (2009), La Dernière Fois que j'ai vu Macao (2012), coréalisé avec João Rui Guerra da Mata, et L'Ornithologue (2016). Il a également réalisé plusieurs courts métrages, dont certains avec João Rui Guerra da Mata, dans ce qu'ils appellent leurs films asiatiques. Ses films ont été présentés et primés dans de nombreux festivals dont Cannes, Venise, Locarno et Berlin.
Il fait également, avec João Rui Guerra da Mata, des installations pour les musées et les galeries d'art : Santo António au Musée d'Art Mimesis en Corée du Sud, From the Pearl River to the River Ave à Solar, la Galerie d'art cinématographique de Vila do Conde, au Portugal. En 2016-2017, le Centre Pompidou à Paris leur a consacré une rétrospective et exposition conjointe complète. Le livre de João Pedro Rodrigues, Le Jardin des Fauves, conversations avec Antoine Barraud, a été publié à cette occasion. Il travaille actuellement sur plusieurs projets, deux projets seul, un long métrage, Le sourire d'Afonso, et un court métrage, Un prince à la caserne, ainsi que deux projets co-réalisés avec João Rui Guerra da Mata, le documentaire Où est cette rue ? et leur long métrage asiatique, San Ma Lo 270, Macau.